Al in de 14e eeuw was er een klein haventje met een sluisje voor de afwatering van de veengrond op de plek waar nu nog steeds de haven van Hellevoetsluis ligt aan het Haringvliet. Dat kleine haventje groeide al snel uit tot een maritieme haven en vanaf 1600 was Hellevoetsluis de belangrijkste marinehaven van Nederland. In 1688 was dit ook de plek vanwaar Willem III met Mary naar Engeland voer om koning en koningin van Engeland te worden. Deze positie van belangrijke marine- en handelshaven veranderde pas na de aanleg van de Nieuwe Waterweg, die een rechtstreekse verbinding vanaf zee naar Rotterdam mogelijk maakte. Pas in 1930 vertrok de marine uit Hellevoetsluis (hoewel er rond 1960 nog weer een aantal jaar mijnenvegers lagen), wat het echte verval van de haven betekende. Toen in de Tweede Wereldoorlog de Duitsers ook nog een deel van de bebouwing sloopten om een vrij schootsveld te hebben, leek het einde nabij. Maar nee, het liep anders. In 1970 werd het Haringvliet in het kader van de Deltawerken afgesloten, zodat hier een zoetwatermeer ontstond dat perfect is voor de pleziervaart. En zo kreeg de haven van Hellevoetsluis een nieuwe functie als jachthaven.

Rond de haven staan nog steeds een aantal historische gebouwen, zoals de watertoren uit 1896 (nu bewoond), de Antonius van Paduakerk en het voormalige Admiraliteitsgebouw, later gemeentehuis.

Aan de ingang van de haven staat nog steeds de vuurtoren, hoewel niet meer functionerend.

Aan de rand van de haven, van alle kanten zichtbaar, torent sinds 1891 hoog de molen De Hoop, een inmiddels bewoonde voormalige korenmolen.